Kenichi Mitsuba (10 tahun) adalah anak biasa yang pergi ke sekolah dasar untuk belajar. Sementara itu seorang ninja kecil bernama Hattori Kanzo berteman dengan Kenichi. Hattori yang sekarang menjadi bagian dari keluarga Mitsuba bersama dengan saudaranya, Shinzou dan anjing ninjanya, Shishi-Maru. Hattori membantu Kenichi dengan berbagai masalah yang dihadapinya dan terus menjaganya sebagai seorang teman yang baik. Yumeko-chan adalah gadis yang disukai oleh Kenichi. Sedangkan Kimimaki, seorang Ninja dari Koga dan kucing ninjanya, Kagekiyo ( masing-masing disebut Amara dan Kiyo dalam versi India) selalu membuat masalah dengan Kenichi. Kenichi meminta Hattori untuk membalas dendamnya. Meskipun Hattori adalah teman yang baik, Kenichi kadang-kadang berkelahi dengan Hattori karena kesalahpahaman yang dibuat oleh Kemumaki. Kadang-kadang Jippou, Togejirou dan Tsubame juga membantunya.Film ini memiliki alur cerita mirip Doraemon